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Revision as of 14:19, 21 June 2012
Full id: C24_pineal_eye_retina_retinoblastoma_medulloblastoma_small_cerebral
Phase1 CAGE Peaks
Enriched pathways on this co-expression cluster<b>Summary:</b><br>Canonical pathway gene sets were compiled from Reactome, Wikipathways and KEGG. For the major signaling pathways, the transcriptionally-regulated genes (downstream targets) were obtained from Netpath. Combined, the canonical pathways and downstream targets totaled 489 human gene sets. The corresponding M. musculus gene sets were inferred by homology using the HomoloGene database. Enrichment for each of the canonical 489 pathways and gene sets included in the co-expression cluster was assessed by the hypergeometric probability. The resulting P values were also then adjusted by the Benjamini-Hochberg method for multiple comparisons.<br><b>Analyst: </b>Emmanuel Dimont<br><br>link to source dataset<br>data
No results for this coexpression
Enriched Gene Ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b> Results for GOStat analysis on co-expressed clusters. Each cluster with promoters mapping to at least two different genes was analysed with GOStat (PMID: 14962934) with default parameter. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br>data
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GO:0019002 | GMP binding | 0.0102906970867074 |
GO:0001654 | eye development | 0.0106587896149039 |
GO:0004091 | carboxylesterase activity | 0.0113583833544675 |
GO:0022836 | gated channel activity | 0.0117944374846442 |
GO:0046928 | regulation of neurotransmitter secretion | 0.0118137396867808 |
GO:0019897 | extrinsic to plasma membrane | 0.012255591742805 |
GO:0044421 | extracellular region part | 0.0126993047356646 |
GO:0005217 | intracellular ligand-gated ion channel activity | 0.0135114730344158 |
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GO:0019899 | enzyme binding | 0.0157767846895647 |
GO:0005085 | guanyl-nucleotide exchange factor activity | 0.0166936490843736 |
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GO:0007010 | cytoskeleton organization and biogenesis | 0.0188184685272245 |
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GO:0001657 | ureteric bud development | 0.0251713650550023 |
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GO:0009887 | organ morphogenesis | 0.030747741707863 |
GO:0031114 | regulation of microtubule depolymerization | 0.030747741707863 |
GO:0007026 | negative regulation of microtubule depolymerization | 0.030747741707863 |
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GO:0031111 | negative regulation of microtubule polymerization or depolymerization | 0.030747741707863 |
GO:0006836 | neurotransmitter transport | 0.030747741707863 |
GO:0001505 | regulation of neurotransmitter levels | 0.030747741707863 |
GO:0046534 | positive regulation of photoreceptor cell differentiation | 0.030747741707863 |
GO:0032835 | glomerulus development | 0.030747741707863 |
GO:0031593 | polyubiquitin binding | 0.030747741707863 |
GO:0050254 | rhodopsin kinase activity | 0.030747741707863 |
GO:0004059 | aralkylamine N-acetyltransferase activity | 0.030747741707863 |
GO:0005307 | choline:sodium symporter activity | 0.030747741707863 |
GO:0046532 | regulation of photoreceptor cell differentiation | 0.030747741707863 |
GO:0042706 | eye photoreceptor cell fate commitment | 0.030747741707863 |
GO:0008292 | acetylcholine biosynthetic process | 0.030747741707863 |
GO:0043033 | isoamylase complex | 0.030747741707863 |
GO:0046552 | photoreceptor cell fate commitment | 0.030747741707863 |
GO:0005223 | intracellular cGMP activated cation channel activity | 0.030747741707863 |
GO:0031129 | inductive cell-cell signaling | 0.030747741707863 |
GO:0060001 | minus-end directed microfilament motor activity | 0.030747741707863 |
GO:0005597 | collagen type XVI | 0.030747741707863 |
GO:0009642 | response to light intensity | 0.030747741707863 |
GO:0003834 | beta-carotene 15,15'-monooxygenase activity | 0.030747741707863 |
GO:0051234 | establishment of localization | 0.030747741707863 |
GO:0001656 | metanephros development | 0.0314872689636071 |
GO:0022834 | ligand-gated channel activity | 0.0326590744196053 |
GO:0015276 | ligand-gated ion channel activity | 0.0326590744196053 |
GO:0006936 | muscle contraction | 0.0329321333079804 |
GO:0003012 | muscle system process | 0.0329321333079804 |
GO:0006928 | cell motility | 0.0332220363011305 |
GO:0051674 | localization of cell | 0.0332220363011305 |
GO:0046903 | secretion | 0.0334252211438388 |
GO:0007214 | gamma-aminobutyric acid signaling pathway | 0.0345164556287797 |
GO:0048592 | eye morphogenesis | 0.0345164556287797 |
GO:0031267 | small GTPase binding | 0.0345164556287797 |
GO:0005200 | structural constituent of cytoskeleton | 0.0345164556287797 |
GO:0042472 | inner ear morphogenesis | 0.0367694471864249 |
GO:0006810 | transport | 0.0415354532550935 |
GO:0031110 | regulation of microtubule polymerization or depolymerization | 0.0415354532550935 |
GO:0007623 | circadian rhythm | 0.0415354532550935 |
GO:0048523 | negative regulation of cellular process | 0.0420619110771119 |
GO:0005216 | ion channel activity | 0.042602722371742 |
GO:0030001 | metal ion transport | 0.042602722371742 |
GO:0007268 | synaptic transmission | 0.042602722371742 |
GO:0005624 | membrane fraction | 0.042602722371742 |
GO:0006816 | calcium ion transport | 0.042602722371742 |
GO:0016788 | hydrolase activity, acting on ester bonds | 0.0440528346169432 |
GO:0022838 | substrate specific channel activity | 0.04411784452899 |
GO:0042471 | ear morphogenesis | 0.0448617240714105 |
GO:0015629 | actin cytoskeleton | 0.0450089508477441 |
GO:0051020 | GTPase binding | 0.0453292637728311 |
GO:0005261 | cation channel activity | 0.0453292637728311 |
GO:0031226 | intrinsic to plasma membrane | 0.0454276931797191 |
GO:0022803 | passive transmembrane transporter activity | 0.0456805817529686 |
GO:0015267 | channel activity | 0.0456805817529686 |
GO:0031109 | microtubule polymerization or depolymerization | 0.0458717163607918 |
GO:0030695 | GTPase regulator activity | 0.0459236351144342 |
GO:0005915 | zonula adherens | 0.048114122482756 |
GO:0004133 | glycogen debranching enzyme activity | 0.048114122482756 |
GO:0001543 | ovarian follicle rupture | 0.048114122482756 |
GO:0043297 | apical junction assembly | 0.048114122482756 |
GO:0004135 | amylo-alpha-1,6-glucosidase activity | 0.048114122482756 |
GO:0045880 | positive regulation of smoothened signaling pathway | 0.048114122482756 |
GO:0004134 | 4-alpha-glucanotransferase activity | 0.048114122482756 |
GO:0048519 | negative regulation of biological process | 0.0484792384655927 |
Enriched sample ontology terms on this co-expression cluster<b>Summary:</b>To summarize promoter activities (expression profile of a TSS region) across ~1000 samples, we performed enrichment analysis based on FANTOM5 Sample Ontology (FF ontology). The question here is “in which type of samples the promoter is more active”. To answer this question, we compared expressions (TPMs) in the samples associated with a sample ontology term and the rest of the samples by using the Mann-Whitney rank sum test. To summarize ontologies enriched in this co-expression cluster, we ran the same analysis on an averaged expression profile of all promoters that make up. <b>Analyst:</b> Hideya Kawaji <br><br>links to source dataset<br><br><br>uberon_data<br><br>
Overrepresented TFBS (DNA) motifs on this co-expression cluster<b>Summary:</b>The values shown are the p-values for overrepresentation of the motif in this coexpression cluster. So a small p-value means a strong overrepresentation. <b>Analyst:</b> Michiel de Hoon <br><br>link to source data <br> Novel motifs <br>data <br><br> Jaspar motifs <br>data
Novel motifs
JASPAR motifs
Motifs | -log10(p-value) |
---|---|
{{{tfbs_overrepresentation_jaspar}}} |
ENCODE TF ChIP-seq peak enrichment analysis<b>Summary:</b> For each TF and each co-expression cluster, the number of promoters with ENCODE TF ChIP signal was compared with the rest of promoters from the robust set using Fisher's exact test. Clusters with significant ChIP enrichment (q <= 0.05) after Benjamini-Hochberg correction were retained. <br><b>Analyst:</b> Erik Arner<br><br>link to source dataset<br><br>data
No analysis results for this cluster
Relative expression of the co-expression cluster<b>Summary:</b>Co-expression clusters are compared against FANTOM5 samples to obtain relative expression. <br><b>Analyst:</b>NA<br><br>link to data source<br> data
"{{{coexpression_dpi_cluster_scores_median}}}" is not a number.